Trước sự xuất hiện của các cường quốc thực dân châu Âu, đảo Timor là một phần của mạng lưới thương mại trải dài giữa Ấn Độ, Trung Quốc và kết hợp Đông Nam Á. Dứa là hàng hóa xuất khẩu chính của đảo[2]. Cường quốc châu Âu đầu tiên đến khu vực này là Bồ Đào Nha vào đầu thế kỷ 16 tiếp theo là Hà Lan vào cuối thế kỷ 16. Cả hai đều tìm kiếm những truyền thuyết về Quần đảo Maluku. Năm 1515, Bồ Đào Nha lần đầu tiên đặt chân tới nơi gần vị trí Pante Macassar ngày nay. Thương gia Bồ Đào Nha xuất khẩu gỗ đàn hương từ hòn đảo này, cho đến khi cây này gần bị tuyệt chủng [1]. Năm 1556, một nhóm các giáo sĩ Dòng Anh Em Giảng Thuyết thành lập làng Lifau.

Năm 1613, người Hà Lan kiểm soát của phía Tây của đảo [1]. Trong ba thế kỷ sau, người Hà Lan đã thống trị toàn bộ quần đảo Indonesia với ngoại lệ của nửa phía đông của Timor, khi trở thành Timor thuộc Bồ Đào Nha.[2] Người Bồ Đào Nha đem đến ngô là cây lương thực và cà phê là một loại cây xuất khẩu tới đây. Các hệ thống ở Timor kiểm soát thuế và lao động đã được bảo quản, thông qua đó các loại thuế được trả thông qua công lao động và một phần từ giá trị cà phê và gỗ đàn hương. Người Bồ Đào Nha đưa lính đánh thuê vào Timor và các tù trưởng người Timor thuê lính Bồ Đào Nha cho cuộc chiến chống lại các bộ tộc láng giềng. Với việc sử dụng súng hỏa mai Bồ Đào Nha, người Timor trở thành thợ săn hươu và các nhà cung cấp của sừng hươu cho xuất khẩu.[3]

Người Bồ Đào Nha giới thiệu Công giáo La Mã đến Đông Timor, bảng chữ cái Latinh, hệ thống báo chí và trường học chính quy[3]. Hai nhóm người đã được đưa tới Đông Timor: người Bồ Đào Nha, và Topasses (người châu Á gốc Bồ Đào Nha). Tiếng Bồ Đào Nha đã được đưa vào nhà thờ và doanh nghiệp nhà nước, và người châu gốc Bồ Đào Nha được sử dụng tiếng Malay ngoài tiếng Bồ Đào Nha[3]. Theo chính sách thuộc địa, quốc tịch Bồ Đào Nha đã có sẵn để những người đồng hóa được tiếng Bồ Đào Nha, biết đọc biết viết, và có tôn giáo; tới năm 1970 có khoảng 1,200 người Đông Timor, chủ yếu xuất thân từ tầng lớp quý tộc và cư dân thủ đô Dili hoặc thị trấn lớn hơn đã được nhập quốc tịch Bồ Đào Nha. Đến gian đoạn cuối của chính quyền thuộc địa vào năm 1974, 30 phần trăm dân số của Timor là theo công giáo La Mã trong khi phần lớn vẫn tiếp tục tôn thờ thần linh của đất và bầu trời.[3]